根据材料内容“美国国会通过了‘韦德-戴维斯重建法案’，该项法案将黑人的权益问题留给南部各州去管理……但林肯总统否决了此项法案”并结合所学可知，总统在法律规定的范围内行使对国会提案的否决权，国会也根据法律的规定推翻过总统的否决，这是美国政治制度中分权制衡的表现，是国家权力制衡机制的运行，故D正确；

材料体现的是权力制衡机制的运行，没有体现总统与国会矛盾不可调和，排除A项；

材料体现的是权力制衡机制的运行，没有体现出南北方斗争日趋激烈，排除B项；

根据题干材料，天赋人权观念遭到了质疑不符合史实，排除C。

故选：D。