低位肛瘘是指瘘管位于肛直环以下的肛瘘，患者可以自行在肛门周围摸及条索状的瘘管，瘘管外侧在肛门周围皮肤的外口，一般向肛门口延伸，直至肛缘。

低位肛瘘，大多都可以在肛周摸及瘘管。

而一些高位肛瘘，由于瘘管位置偏高，所以，在肛门周围并无法触及条索状的瘘管。

低位肛瘘，由于没跨过肛直环，所以，将瘘管切开或者瘘管切除以后，对于肛门肌肉的损伤并不大，也不会造成术后出现肛门失禁。